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    【基因组拼装预测分析生物科研实验外包医学实验外包公司服务】
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针对454的数据进行深入的数据分析,包括基因组拼装、基因预测及注释、基因的GO及pathway分析等


一、基因组拼装
454 reads NEWBLER(roche出品)软件进行拼装
二、基因预测
根据提供的基因组序列,选择一种或多种基因预测软件进行基因预测。可选预测软件:FgeneSH(推荐);Glimmer;RBSFinder。
三、基因注释
选择一种或多种蛋白质库,对预测出的基因进行注释。可选的蛋白质库NCBI NR库;KEGG Protein Database;SwissProt Protein Database。
四、GO 分类及统计
GO常用于提供基因功能分类标签和基因功能研究的背景知识。利用GO的知识体系和结构特点,旨在发掘与基因差异表达现象关联的单个特征基因功能类或多个特征功能类的组合。
例子:
五、基因家族分类
利用COGs Database进行预测出的基因进行基因家族的分类。
六、RNA预测
利用RNAmmer;tRNAscan-SE;BRUCE等主流分析软件进行rRNA, tRNA, tmRNA基因的预测。
七、锚定蛋白,分泌蛋白预测
利用TMHMM 2.0、SignalP 3.0等主流分析软件预测锚定与分泌蛋白。并预测出跨膜结构和信号肽区域。
八、Genomic islands 基因水平转移预测(原核生物推荐)
使用SIGI-HMM软件预测基因水平转移事件及涉及基因。
九、Ortholog Gene分析
根据给出的参考物种(已有基因组及基因库数据)。进行Ortholog Genes识别。

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